Struktur Organisasi

LPI ABFA Pamekasan dipimpin Oleh seorang direktur Dibantu oleh tiga orang Asisten Direktur , yaitu; Asisten Direktur I : Bidang Akademik & Kesiswaan, Asisten Direktur II : Bidang Kepegawaian, Sarana Prasarana dan Keuangan & UPT, Asisten III :  Bidang Peningkatan Peran Serta Masyarakat, Perencanaan, Monitoring, & Evaluasi serta kerjasama kelembagaan.

LPI ABFA Pamekasan berkoordinasi dengan Yayasan al-Faqih dan Majelis Orang Tua Siswa serta Tim Pengembang Pendidikan ABFA Pamekasan dalam melaksanakan tugasnya.  Secara Struktural Asisten Direktur Dibantu oleh Kepala Bagian Kurikulum (Kabag Kurikulum), Kepala Bagian Kesiswaan (Kabag Kesiswaan), Kepala Bagian Pegawai, Anggaran, Perlengkapan, dan Unit Pelaksanaan Teknis (Kabag PAP & UPT), dan Kepala Bagian Humas (Kabag Humas). Secara Teknis Kabag Kurikulum dibantu oleh Kepala Seksi Pendidikan Bahasa Asing (Kasi PBA) dan Kepala Seksi Pendidikan Al-Qur’an Kasi Al Qur’an), Kabag Kesiswaan dibantu oleh Kepala Seksi Pembelajaran Ekstrakurikuler (Kasi Ekstrakurikuler) dan Kepala Seksi Pembinaan Prestasi (Kasi Prestasi), Kabag PAP & UPT dibantu oleh Kepala Seksi Pengembangan dan Pemberdayaan SDM (kasi SDM) dan Kepala Seksi Pelayanan Teknis (Kasi UPT), Kabag Humas dibantu oleh Kepala Seksi Promosi (Kasi Promosi) dan Kepala Seksi ABFA Pamekasan Mendidik Indonesia (Kasi SMI). Di level sekolah dipimpin oleh Kepala Sekolah/Kepala TK dan dibantu oleh Wakil Kepala Sekolah dan Kepala Tata Usaha.